Sau năm 1975, Phúc Thuận là một xã thuộc huyện Phổ Yên.

Ngày 1 tháng 10 năm 1983, sáp nhập các xóm Tân Thắng, Đồng Đẳng của xã Phúc Thuận với xã Phúc Thọ (huyện Đại Từ) và một số xóm khác thành xã Phúc Tân thuộc huyện Đồng Hỷ.[3]

Năm 2011, Chính phủ ban hành Nghị quyết số 05/NQ-CP.[1] Theo đó:

• Chuyển 429 người của thị trấn Nông trường Quân Chu vừa giải thể, 2.783 người của thị trấn Nông trường Bắc Sơn vừa giải thể về xã Phúc Thuận quản lý. Sau khi điều chỉnh, xã Phúc Thuận có 5.424,5 ha diện tích tự nhiên và 16.223 người.
• Điều chỉnh 207,31 ha diện tích tự nhiên và 2.954 người của xã Phúc Thuận để thành lập thị trấn Bắc Sơn. Xã Phúc Thuận còn lại 5.217,19 ha diện tích tự nhiên và 13.269 người.

Ngày 15 tháng 5 năm 2015, thành lập thị xã Phổ Yên trên cơ sở toàn bộ diện tích và dân số của huyện Phổ Yên.[4] Xã Phúc Thuận thuộc thị xã Phổ Yên như hiện nay.